子宫内膜异位症是良性病变，但有向远处转移和种植的能力。对于其发病原因尚未完全明了。目前有下列几种观点。

　　1、子宫内膜种植学说：月经期脱落的子宫内膜碎屑随经血逆流，经输卵管进入腹腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，并在该处继续生长蔓延，因而形成盆腔内膜异位症。剖宫产后形成的腹壁瘢痕子宫内膜异位症，是此种学说的有力例证。

　　2、体腔上皮化生学说：卵巢表面上皮、盆腔腹膜、直肠阴道隔等，在反复经血回流、慢性炎症刺激或长期而持续的卵巢激素等作用下，被激活而转化为子宫内膜，从而形成子宫内膜异位症。

　　3、淋巴及静脉播散学说：在远离盆腔部位的器官，如肺、胸膜等处可以偶尔见到异位的子宫内膜生长，即为子宫内膜通过淋巴或静脉播散的结果。

　　4、在位内膜决定论：子宫内膜在宫腔外经过黏附、侵袭等过程得以种植、生长、发生病变，在位内膜的特质起决定作用。

　　5、免疫学说：决定因素是机体全身及局部免疫状态和功能，激素及细胞因子和酶也起一定的重要作用。

　　6、内异症有家族聚集性。外界环境污染（如二噁英，Dioxin）有一定影响。